结果司马迁十分的耿直，开始为李陵开脱：“李陵带去的步兵不满五千，他深入到敌人的腹地，打击了几万敌人。虽然打了败仗，可是杀了这么多敌人，也可以向天下人交代了。李陵不肯马上去死，准有他的主意。他一定还想将功赎罪来报答陛下。”
这番话其实没啥毛病，毕竟五千砍好几万，能打成这个样子已经很牛叉了！
但汉武帝听了，却认为司马迁这样为李陵辩护，是在有意贬低李广利，而李广利是汉武帝宠妃李夫人的哥哥。
啊！呵呵呵！万恶的裙带关系。
于是汉武帝勃然大怒，说：“你这样替投降敌人的叛徒强辩，是不是存心反对朝廷？”
直接把司马迁下了监狱，交给廷尉处理。司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时最臭名昭著的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁。
司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。
司马迁在狱中反复不停地问自己：“这是我的罪吗？这是我的罪吗？我一个做臣子的，就不能发表点意见？”
不久，汉武帝命令公孙敖迎还李陵，公孙敖是谁？当年与卫青一起把李广调开的人，有着私仇在！能完成任务吗？
果断不能啊！不但不能完成任务，咱们还要狠狠的落井下石，踩上一脚！弄死他丫的！
于是乎，公孙敖便谎称李陵在帮匈奴训练军队。准备攻打大汉！
已经老糊涂的汉武帝闻言大怒，族灭李陵家。
李陵一家被灭三族，即父族，母族，妻族，李陵的母亲、同母异父的弟弟，（没错，李陵的母亲改嫁过）妻子，儿女都被杀。
自是之后，李氏名败，而陇西之士居门者皆用为耻。
司马迁也因此事被判了死刑。但是汉朝的死刑是可以要免死的。
想要免死有两条路可以选择，其一交50万钱，其二接受宫刑。而显然，司马迁没钱！
于是便受了宫刑，宫刑是个奇耻大辱，污及先人，见笑亲友。
后来司马迁在《报任少卿书》中提及此事中说道：“遭遇此祸，重为乡党所戳笑，以污辱先人，亦何面目复上父母之丘墓乎，虽累百世，垢弥甚耳，是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知其所往，每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。”
在狱中，又备受凌辱，“交手足，受木索，暴肌肤，受榜棰，幽于圜墙之中，当此之时，见狱吏则头抢地，视徒隶则心惕息”（司马迁《报任安书》）。
几乎断送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集资料，说：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”
要写部有关历史书的夙愿，因此为了完成《史记》的写作，忍辱负重，希望出现一线转机。
后来汉武帝大赦天下，司马迁才得以出狱，此时已经50多岁！
而李家突遭横祸，只剩下了李禹这根独苗，李禹是李陵三叔的儿子，不在李陵三族内，未受牵连。
直到征和二年(前91年)的巫蛊之祸，皇后卫子夫、太子刘据全家，两位公主以及丞相公孙贺、公孙敖、卫伉(卫青长子)等人先后冤死，李禹也被牵扯其中。